Trägerin der STH Basel ist die Immanuel-Stiftung. Die Stiftung bezweckt den "Betrieb einer bibeltreuen evangelisch-theologischen Hochschule, die der Lehre und Forschung dient". Sie ist interdenominationell ausgerichtet und ist kirchlich und staatlich unabhängig.

Die Immanuel-Stiftung ist im Kanton Basel-Stadt als gemeinnützig anerkannt. Aufgrund des Steuerharmonisie-
rungsgesetzes 2001 kann davon ausgegangen werden, dass Spenden an die STH Basel in allen Kantonen abzugsberechtigt sind, wobei sich die Höhe des Abzugs nach den jeweiligen kantonalen Bestimmungen richtet.