Gründer und erster Rektor der STH Basel war der Alttestamentler Prof. Dr. Samuel Külling (1924-2003).

1970 Der Regierungsrat des Kantons Basel Stadt bewilligt dem Verein eine Errichtung und Führung einer vom Staat und von der Universität unabhängigen Lehrstätte zur Ausbildung von Pfarrern auf dem Gebiet des Kantons Basel Stadt unter der Bezeichnung: „Freie Evangelisch-Theologische Akademie Basel.“
1970 Die Freie Evangelisch-Theologische Akademie Basel (FETA) wird mit einem feierlichen Festakt im Kirchgemeindehaus Oekolampad in Basel eröffnet.
1973 Die Liegenschaft am Mühlestiegrain 50 wird erworben. Dort wird bis heute der Studienbetrieb durchgeführt.
1983 Gründung des Immanuel Verlags. Dieser wird Mitglied im Schweizerischen Buchhändler- und Verleger Verband.
1987 Für Doktoratsstudien wird das Freie Seminar der Theologie in Genf eröffnet.
1994 Namensänderung: Die Freie Evangelische Theologische Akademie (FETA) wird zur Staatsunabhängigen Theologischen Hochschule Basel (STH Basel).
2007 Das Studium wird den Bologna Richtlinien angepasst. Es wird auf ein zweistufiges Bachelor – und Masterstudium umgestellt.
2010 Die Studienreform auf Stufe „Bachelor“ ist umgesetzt.
2012 Die Studienreform auf Stufe „Master“ ist umgesetzt.
2014 Die STH Basel wird als universitäre Institution sowie deren Bachelor- und Masterstudiengang in Theologie durch die Schweizerische Universitätskonferenz (SUK) akkreditiert.